Doanh nghiệp kê khai thuế đều đặn, vì sao đến lúc kiểm tra vẫn phát sinh?

Theo ông Nguyễn Ngọc Chuyên – Phó Giám đốc, Trưởng bộ phận Thuế Kế Toán Thuận Thiên, điểm dễ gây hiểu nhầm nằm ở việc doanh nghiệp thường xem "đã kê khai" như một dấu hiệu cho thấy hồ sơ thuế đã hoàn toàn ổn.

Trong khi đó, kê khai đúng hạn mới chỉ là một phần của nghĩa vụ thuế.

Tờ khai đúng hạn chưa chắc dữ liệu bên dưới đã đúng

Luật Quản lý thuế hiện hành yêu cầu người nộp thuế không chỉ nộp hồ sơ đúng thời hạn mà còn phải khai chính xác, trung thực và đầy đủ. Khi cơ quan có thẩm quyền phát hiện nghĩa vụ thuế bị khai thiếu, doanh nghiệp có thể phải nộp bổ sung số thuế còn thiếu, tiền chậm nộp và tùy trường hợp có thể phát sinh xử phạt. Mức tiền chậm nộp hiện được quy định là 0,03%/ngày trên số tiền thuế chậm nộp.

Điều này có nghĩa một tờ khai được hệ thống tiếp nhận thành công không đồng nghĩa mọi nghiệp vụ tạo ra con số trên tờ khai đều đã được kiểm chứng.

"Một tờ khai có thể được lập đúng với dữ liệu kế toán đang có, nhưng nếu dữ liệu đầu vào thiếu, chứng từ chưa đủ điều kiện hoặc một nghiệp vụ được ghi nhận chưa đúng bản chất thì kết quả cuối cùng vẫn có thể thay đổi khi rà soát sâu hơn", ông Chuyên phân tích.

Đây là điểm đặc biệt đáng lưu ý với doanh nghiệp nhỏ, nơi kế toán thường phải xử lý nhiều đầu việc trong khi thông tin lại đến từ chủ doanh nghiệp, bộ phận bán hàng, ngân hàng, nhân sự và nhà cung cấp.

Bốn "điểm mù" thường chỉ lộ ra khi rà soát sâu

Thứ nhất là doanh thu và thời điểm ghi nhận. Giao dịch đã phát sinh nhưng hóa đơn, hợp đồng, nghiệm thu và số liệu kế toán không đồng bộ có thể làm số liệu giữa các kỳ chênh nhau.

Thứ hai là chi phí có hóa đơn nhưng chưa chắc đã đủ điều kiện được trừ. Đây là nhầm lẫn khá phổ biến. Hóa đơn chỉ là một phần của hồ sơ; doanh nghiệp còn phải đáp ứng điều kiện về tính liên quan đến hoạt động kinh doanh, chứng từ và phương thức thanh toán trong những trường hợp pháp luật yêu cầu. Chẳng hạn, quy định thuế TNDN hiện hành đã đặt điều kiện về chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với nhiều khoản mua hàng hóa, dịch vụ và khoản thanh toán khác từ 5 triệu đồng/lần trở lên, trừ những trường hợp đặc thù theo quy định.

Thứ ba là dữ liệu kế toán không theo kịp hoạt động thực tế. Chủ doanh nghiệp thay đổi thỏa thuận với khách hàng, phát sinh khoản thưởng, chi phí, khuyến mại hoặc giao dịch mới nhưng bộ phận kế toán không nhận đủ thông tin. Khi đó, người làm kế toán có thể xử lý đúng những gì mình nhận được nhưng bức tranh tổng thể vẫn thiếu.

Thứ tư là doanh nghiệp chỉ kiểm tra từng kỳ kê khai mà ít khi đối chiếu toàn bộ hệ thống. Một chênh lệch nhỏ giữa hóa đơn, sao kê ngân hàng, công nợ, hợp đồng và sổ kế toán có thể không đáng chú ý trong một tháng, nhưng sau nhiều kỳ lại trở thành vấn đề cần giải trình.

Khi dữ liệu thuế ngày càng được kết nối, "để cuối năm xem lại" không còn là cách tốt

Từ năm 2026, phương thức quản lý thuế tiếp tục chuyển mạnh sang quản lý dựa trên dữ liệu và rủi ro. Dữ liệu hóa đơn điện tử được quản lý tập trung; ngành Thuế đang tăng cường phân tích dữ liệu hóa đơn, giao dịch và hoạt động kinh doanh, đồng thời khung pháp lý mới đã lần đầu quy định việc kiểm tra thuế bằng phương thức điện tử.

Theo ông Chuyên, sự thay đổi này không nên được nhìn theo hướng doanh nghiệp phải "lo sợ bị kiểm tra", mà ngược lại, đây là lý do để doanh nghiệp nhỏ chuyển từ tư duy kê khai cho đúng hạn sang quản trị dữ liệu thuế chủ động.

Doanh nghiệp có thể định kỳ đối chiếu hóa đơn với sổ kế toán, ngân hàng, công nợ và hợp đồng; rà soát các khoản chi có điều kiện đặc biệt; kiểm tra lại những nghiệp vụ bất thường thay vì đợi đến cuối năm hoặc đến khi có yêu cầu mới bắt đầu tìm hồ sơ.

Với doanh nghiệp nhỏ chưa cần xây dựng riêng một bộ phận thuế, một đợt rà soát kiểm tra sổ sách và báo cáo thuế độc lập theo định kỳ cũng có thể giúp phát hiện chênh lệch sớm, thay vì chờ đến khi cơ quan quản lý yêu cầu giải trình mới bắt đầu kiểm tra lại hồ sơ..

"Mục tiêu của việc rà soát không phải là tìm xem ai đã làm sai. Quan trọng hơn là biết số liệu của doanh nghiệp đang ở đâu, điều gì cần hoàn thiện và xử lý khi vấn đề vẫn còn nhỏ", ông Chuyên chia sẻ.

Một doanh nghiệp kê khai thuế đều đặn nhiều năm là tín hiệu tốt. Nhưng để thực sự yên tâm, thứ cần được kiểm tra không chỉ là tờ khai đã nộp hay chưa, mà còn là những dữ liệu đã tạo nên tờ khai đó có đang phản ánh đúng hoạt động của doanh nghiệp hay không.